1. Il flusso di rilevamento dello strumento
La prima cosa da considerare è la frequenza con cui il laboratorio deve utilizzare uno strumento PCR quantitativo. David Ginzinger, capo delle apparecchiature per l'analisi del genoma presso l'Università della California, San Francisco Cancer Center, ha testato la maggior parte delle macchine per PCR quantitative sul mercato. Ha detto che se non viene utilizzato su larga scala, ad esempio, viene utilizzato principalmente per testare geni noti, quindi non ha bisogno di costosi prodotti di fascia alta. Ma per quei laboratori che hanno bisogno di trovare nuovi bersagli farmacologici e marcatori di malattie, hanno bisogno di strumenti in grado di contenere piastre da 384 pozzetti e di funzionare più velocemente. Tuttavia, solo uno strumento ad alta produttività non è abbastanza veloce e scoprirai che la preparazione del campione diventa un collo di bottiglia per la limitazione della velocità. Pertanto, i laboratori ad alta produttività richiedono spesso ulteriori strumenti automatizzati. Finché il pulsante viene premuto, lo strumento elaborerà automaticamente i campioni, purificherà gli acidi nucleici e preparerà i modelli PCR.
2. La capacità di amplificazione multipla
L'amplificazione multipla si sta scaldando. L'attrezzatura per PCR quantitativa in tempo reale non è immune. Lo strumento PCR quantitativo di fascia alta ha più canali di rilevamento, quindi lo strumento può rilevare il processo di amplificazione di più modelli nello stesso serbatoio del campione. Il nuovo LightCycler2.0 dispone di 6 canali di rilevamento, 3 in più rispetto all'originale. SmartCycler® ha 4 canali di rilevamento. Stratagene, che è famoso per i suoi prodotti di libreria, ha anche uno strumento PCR quantitativo Mx3000P con meno della metà del prezzo di Roche e una buona reputazione, ovvero 4 canali di rilevamento. Tuttavia, l'amplificazione multipla non è adatta a tutti perché complica l'esperimento.
3. Software
Quando sei pronto per scegliere uno strumento PCR quantitativo, devi controllare il software allegato. È comodo da usare, puoi eseguire l'analisi di cui hai bisogno, ci sono diversi formati di output. Tuttavia, è necessario prestare attenzione al fatto che il software troppo facile da usare abbia una funzione relativamente semplice e non possa eseguire calcoli complessi. Il software precedente richiede di eseguire ulteriori analisi. Il nuovo software può già gestire tutto. Oltre alle funzioni di base, alcuni software possono anche avere più funzioni, come la progettazione di primer e sonde, la progettazione di analisi multiple, la correzione dello sfondo, la normalizzazione dei dati e così via. Willian Demyan, capo del dipartimento applicazioni e servizi tecnici del dipartimento di scienze applicate di Roche, ha sottolineato che la PCR quantitativa è un processo di amplificazione geometrica. All'inizio, c'è una differenza di copia e i risultati variano in base all'ordine geometrico.
4. Flessibilità
Le apparecchiature di laboratorio su larga scala sono certamente invidiabili e anche i laboratori convenzionali possono avere scelte meravigliose. Gli attuali fornitori dispongono di molti esperti tecnici, non solo per comprendere le vostre esigenze attuali, ma anche per prendere in considerazione possibili cambiamenti futuri della domanda, come la fornitura di una varietà di accessori e moduli aggiornabili. MyCycler di BioRad può selezionare i moduli e passare alla quantificazione in tempo reale. Lo strumento PCR quantitativo di ABI ha una varietà di diversi serbatoi per campioni, che possono cambiare i serbatoi da 96 pozzetti in serbatoi doppi da 384 pozzetti per soddisfare alcuni requisiti di elevata produttività. Per i laboratori che hanno appena iniziato a eseguire la qPCR in piccole quantità, lo strumento PCR quantitativo SmartCycler II è una buona scelta. Un modulo base dispone di 16 serbatoi campione indipendenti per il controllo della temperatura e possono essere eseguiti 16 diversi esperimenti completamente indipendenti contemporaneamente o prima e dopo. "Accesso"; quando il laboratorio ha bisogno di un esperimento su larga scala, può essere aggiornato in modo molto economico, da 1 a 6 moduli di base, ovvero 96 pozzetti per campioni. Sebbene le piastre a 96 pozzetti non possano essere utilizzate, quando uno studente inizia una piccola quantità di esperimenti, altri possono anche collegarsi in qualsiasi momento per avviare i propri esperimenti indipendenti e non interferiscono tra loro, il che aumenta la flessibilità. È un'opzione molto flessibile per i laboratori che hanno solo un piccolo numero di esperimenti e hanno un budget limitato all'inizio.
5. Incertezza
Sebbene il software possa essere parzialmente corretto, è meglio acquistare uno strumento con errori meno sistematici senza richiedere tante correzioni di calcolo che per calcolo. Cinzinger ritiene che si debba prestare particolare attenzione alle differenze tra i pozzetti campione dello strumento. Oltre alle note differenze di temperatura tra i fori del campione, ci sono anche piccole differenze nella distanza del percorso ottico tra il foro del campione e la sonda di rilevamento, la leggera differenza nella lunghezza della fibra responsabile dell'invio, della ricezione e della trasmissione dei segnali , la piccola differenza nella distanza e nell'angolo tra l'obiettivo e il foro del campione e persino L'effetto della cella del campione sulla trasmissione del segnale. Cinzinger ha eseguito lo stesso test sulla maggior parte degli strumenti PCR quantitativi disponibili in commercio. H
